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爆發(fā)!國內(nèi)學者,一天四篇Nature正刊!

今日Nature重磅!

繼上周南京大學背靠背兩篇Nature之后,這周,國內(nèi)學者同一天再有四篇Nature見刊。
廢話不多說,直接上干貨。
1. 植物受體樣蛋白被微生物糖苷水解酶激活
植物依靠細胞表面定位的模式,識別受體來檢測病原體或宿主衍生的危險信號并觸發(fā)免疫反應。具有富含亮氨酸重復序列(LRR)外結(jié)構(gòu)域的受體樣蛋白(RLPs)是模式識別受體的一個亞群,在植物免疫中發(fā)揮著重要作用。到目前為止,LRR-RLPs的配體識別和激活機制仍然不清楚。
在此,來自南京農(nóng)業(yè)大學的王燕&王源超和清華大學的韓志富&柴繼杰等研究者,報道了來自Nicotiana?benthamiana的LRR-RLP RXEG1的晶體結(jié)構(gòu),它可以識別來自于大豆疫霉菌的XEG1木葡聚糖酶。該結(jié)構(gòu)揭示了特異性的XEG1識別主要是由RXEG1的一個氨基端和一個羧基端環(huán)出區(qū)(RXEG1(ID))介導的。這兩個環(huán)結(jié)合到XEG1的活性位點槽上,抑制其酶活性,抑制本菌疫霉感染。XEG1的結(jié)合促進RXEG1(LRR)通過RXEG1(ID)和最后四個保守的LRR與LRR型共受體BAK1的結(jié)合,觸發(fā)RXEG1介導的免疫應答。比較apo-RXEG1(LRR)、XEG1-RXEG1(LRR)和XEG1-bak1 -RXEG1(LRR)的結(jié)構(gòu)可知,XEG1的結(jié)合可誘導RXEG1 N-端區(qū)域的構(gòu)象變化(ID),增強RXEG1的BAK1相關(guān)區(qū)域(LRR)的結(jié)構(gòu)靈活性。
這些變化允許RXEG1(ID)的折疊切換,以招募BAK1(LRR)。該數(shù)據(jù)揭示了配體誘導的LRR-RLP與BAK1異二聚的保守機制,并提示了LRR-RLP在植物免疫中的雙重功能。相關(guān)論文以題為“Plant receptor-like protein activation by a microbial glycoside hydrolase”于2022年09月21日發(fā)表在Nature上。
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圖1. RXEG1對XEG1的特異性識別(LRR)
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圖2. XEG1-RXEG1 (LRR)-BAK1 (LRR)配合物的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)
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圖3. XEG1-RXEG1 (LRR)-BAK1 (LRR)復合體的突變
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圖4. RXEG1抑制XEG1的糖苷水解和毒力活性
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圖5. XEG1誘導RXEG1激活的機制
文獻信息
Sun, Y., Wang, Y., Zhang, X.?et al.?Plant receptor-like protein activation by a microbial glycoside hydrolase.?Nature?(2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05214-x
原文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05214-x
2. 定向殼多糖生物合成的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)
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殼多糖是自然界中最豐富的氨基多糖,是一種細胞外聚合物,由N–乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)單元組成。殼多糖生物合成的關(guān)鍵反應是由殼多糖合成酶催化的,這是一種膜集成糖基轉(zhuǎn)移酶,將GlcNAc從UDP-GlcNAc轉(zhuǎn)移到不斷增長的殼多糖鏈上。然而,這一過程的確切機制尚未闡明。
在此,來自中國科學院高能物理研究所龔勇中國農(nóng)業(yè)科學院&北京工業(yè)大學楊青等研究者,報道了破壞性大豆根腐病病原菌大豆疫霉菌(Phytophthora sojae, PsChs1)中殼多糖合成酶的五個冷凍電鏡結(jié)構(gòu)。它們代表了該酶的載脂蛋白、GlcNAc結(jié)合、新生殼多糖寡聚物結(jié)合、UDP-結(jié)合(合成后)和殼多糖合酶抑制劑尼克霉素Z-結(jié)合狀態(tài),為殼多糖生物合成的多個步驟及其競爭性抑制提供了詳細的視角。
該結(jié)構(gòu)揭示了殼多糖合成反應室,該反應室具有底物結(jié)合位點、催化中心和允許產(chǎn)物聚合物排出的聚合物遷移通道的入口。這種排列反映了殼多糖生物合成過程中從UDP-GlcNAc結(jié)合、聚合物延伸到產(chǎn)物釋放的連續(xù)關(guān)鍵事件。
研究者在殼多糖轉(zhuǎn)運通道內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一個擺動的環(huán),它作為一個“閘門”,在引導產(chǎn)物聚合物進入轉(zhuǎn)運通道并將其釋放到細胞膜的細胞外側(cè)時,防止底物離開。該工作揭示了殼多糖生物合成的定向多步驟機制,為抑制殼多糖合成提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。相關(guān)論文以題為“Structural basis for directional chitin biosynthesis”于2022年09月21日發(fā)表在Nature上。
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圖1. apo PsChs1結(jié)構(gòu)
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圖2.?PsChs1二聚體內(nèi)的界面相互作用
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圖3.?PsChs1與配體之間的相互作用
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圖4. NikZ對PsChs1的抑制作用
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圖5. 殼多糖生物合成模型
文獻信息
Chen, W., Cao, P., Liu, Y.?et al.?Structural basis for directional chitin biosynthesis.?Nature?(2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05244-5
原文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05244-5
3. 利用三線態(tài)光酶對映選擇性[2+2]環(huán)加成
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自然進化的酶,盡管種類繁多,功能多樣,但主要是通過熱化學激活作用的。將突出的光催化模式整合到蛋白質(zhì)中,如三線態(tài)能量轉(zhuǎn)移,可以創(chuàng)造人工光酶,擴大自然生物催化的范圍。
在此,來自西北大學陳希華中科技大學鐘芳銳&吳鈺周等研究者,利用基因重新編程化學進化的光酶嵌入合成的三線態(tài)光敏劑中,能夠進行激發(fā)態(tài)對映體誘導。通過四輪定向進化的結(jié)構(gòu)優(yōu)化,為吲哚衍生物的分子內(nèi)[2+2]光環(huán)加成提供了良好的對映體選擇性變體,具有良好的底物通用性和優(yōu)異的對映體選擇性(高達99%的對映體過量)。光酶-底物復合物的晶體結(jié)構(gòu)闡明了介導反應立體化學的非共價相互作用。這項研究擴大了人工三線態(tài)光酶在超分子蛋白質(zhì)腔中的能量轉(zhuǎn)移反應性,開辟了一種有價值的對映選擇性光化學合成的綜合方法,這是合成或生物世界無法單獨獲得的。相關(guān)論文以題為“Enantioselective [2+2]-cycloadditions with triplet photoenzymes”于2022年09月21日發(fā)表在Nature上。
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圖1. 對映選擇性[2+2]環(huán)加成三線態(tài)光酶(TPe)的設(shè)計
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圖2. TPe的定向進化
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圖3. 以晶體結(jié)構(gòu)為指導的TPe優(yōu)化
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圖4. TPe的襯底范圍
文獻信息
Sun, N., Huang, J., Qian, J.?et al.?Enantioselective [2+2]-cycloadditions with triplet photoenzymes.?Nature?(2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05342-4
原文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05342-4
4. 星系中復雜磁化點的快速射電爆發(fā)源
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強快速射電暴(FRBs)是一種高度分散、持續(xù)時間為毫秒的射電暴。最近對銀河系快速射電暴的觀測表明,至少有一些快速射電暴起源于磁星,但宇宙學快速射電暴的起源仍未確定。
在此,來自中國科學院國家天文臺的朱煒瑋、美國內(nèi)華達大學的張兵以及北京大學李柯伽&東蘇勃等研究者,報告了54天82小時內(nèi)重復源FRB 20201124A探測到1863次脈沖。這些觀測結(jié)果顯示出法拉第旋轉(zhuǎn)測量(RM)的不規(guī)則短期變化,該測量仔細檢查了在前36天內(nèi)單個爆發(fā)的密度加權(quán)視距磁場強度,然后是恒定的RM。
研究者在超過一半的脈沖樣品中檢測到圓極化,其中一個脈沖達到了75%的高分數(shù)圓極化。在分數(shù)線性和圓偏振振蕩,以及檢測到偏振角可作為波長的函數(shù)。所有這些特征都為在大約一個天文單位(AU;地-日距離)的震源內(nèi)存在一個復雜的、動態(tài)演變的磁化直接環(huán)境提供了證據(jù)。研究者對其銀河系大小、富含金屬的宿主星系的光學觀測顯示出一個棒螺旋,F(xiàn)RB源位于星系中心中間距離的低恒星密度臂間區(qū)域。
這種環(huán)境與一個年輕的磁星引擎是不一致的,它是在大質(zhì)量恒星的一次極端爆炸中形成的,那次爆炸導致了長時間的伽馬射線暴或超級發(fā)光的超新星。相關(guān)論文以題為“A fast radio burst source at a complex magnetized site in a barred galaxy”于2022年09月21日發(fā)表在Nature上。
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圖1. FRB 20201124A物理參數(shù)的時間變化
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圖2. 所選暴的極化剖面、動態(tài)光譜和頻率相關(guān)極化
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圖3. 在光學和近紅外波長下的寄主星系性質(zhì)
綜上所述,國內(nèi)學者同一天的四篇Nature,主要來自生物(3篇)和天文(1篇),以往國內(nèi)學者多是發(fā)表與化學或材料相關(guān)領(lǐng)域的Nature,由此可見,中國不僅僅在化學領(lǐng)域走在世界的前沿,其他學科也正在齊頭并進。我等后輩,當自強!還等什么,卷起來,同志們……
文獻信息
Xu, H., Niu, J.R., Chen, P.?et al.?A fast radio burst source at a complex magnetized site in a barred galaxy.?Nature?609, 685–688 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05071-8
原文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05071-8

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